Pour certains défenseurs de la vie privée, comme Statewatch, la progression du CIR s’inscrit comme le « point de non-retour » d’ une politique de fichage généralisé des citoyens européens. Selon l’ONG, le risque est désormais de voir les cartes d’identité biométriques se démocratiser et rejoindre la base de données biométrique centrale, ce qui permettrait un suivi des citoyens sans précédent. En 2018, la Commission européenne annonçait vouloir équiper toutes les cartes d’identité nationales de puce contenant des informations biométriques , sur le modèle du passeport, d’ici à 5 ans.
Pour Statewatch , enfin, le risque est de voir le CIR étendu aux bases de données Prüm (données biométriques et plaques d’immatriculation), ECRIS (les casiers judiciaires) et le système d’archivage des passagers aériens européens (PNR, qui couvre aussi bien les vols intérieurs qu’internationaux), créant de facto une gigantesque base de données alphanumériques et biométriques de citoyens de l’Union . Au-delà de ces pronostics, les faits sont têtus : au nom du suivi des immigrants illégaux et des criminels, l’Union européenne se dote progressivement d’outils de fichage à grande échelle.